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通常の顕微鏡と共焦点顕微鏡との計算上の比較を行ってきた。
実際にこれらの二つの顕微鏡の違いが何であるのか比較しながら検証したい。

今回試料点からの発光（または散乱）がある点（ｘｓ、ｙｓ）のみからだとすると、
まず共焦点の場合、



ここで点像強度分布に関しては、ｈ１とｈ２は同じで（前節参照）

となる。よって共焦点のステージをスキャンした際の強度は、




通常の顕微鏡の場合



となる。

共焦点と通常の顕微鏡とを強度の大きさの観点をのぞいて比較すると
ステージジをスキャンした際にどちらが物点をキチンと結合しているかを考えると、
共焦点のほうが半値幅として27％程度結像性能がよいことがわかる。
ここでは議論しないが、輪帯照明等を組み合わせるとさらに結像性能がよくなることが分かる。
最後に、両者をグラフにして比較してみる



比較すると明らかに共焦点のほうが物点からの像を性能よく結像していることが分かる